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Uwe Cantner hat seit 2000 den Lehrstuhl für Mikroökonomik an der Friedrich-Schiller-Universität Jena inne, an der er auch Vizepräsident für wissenschaftlichen Nachwuchs und Gleichstellung ist. Weiterhin ist er Professor für Volkswirtschaftslehre an der Syddansk Universitet Odense, Dänemark. Seit Dezember 2015 ist er Mitglied der Expertenkommission Forschung und Innovation der Bundesregierung Deutschlands.

Er stand und steht verschiedenen Gremien vor. So war er zum Beispiel in den Jahren 2013/2014 Präsident der International Joseph A. Schumpeter Society und von 2005 bis 2011 stellvertretender Vorsitzender des Governing Boards des DIME EU-Exzellenznetzwerkes (Dynamics of Institutions and Markets in Europe). Herr Cantner ist Herausgeber des Journal of Evolutionary Economics sowie Mitherausgeber diverser weiterer Publikationen.

Die Forschungsarbeiten von Herrn Cantner befassen sich mit innovationsökonomischen Fragestellungen in den Bereichen der Entrepreneurship- und Gründungsforschung, der Industrial Dynamics and Evolution, der Kooperations- und Netzwerkforschung, der New Economic Geography, sowie der General-Purpose-Technologien samt den dazugehörigen Systemtransformationen.