Die Forschungsschwerpunkte am Donau-Institut liegen im Bereich der Europäischen Integration und der spezifischen Transformationsprozessen der Staaten Mittel- und Osteuropas sowie ihrer Rückwirkungen auf die Europäische Union. Daneben gilt ein besonderes Interesse den Strategien und Politiken der EU, die auf die Entwicklung der Region Ost- und Mitteleuropa sowie die Nachbarstaaten im Osten und die Staaten des Westbalkans gerichtet sind. Ziel ist es, die AUB mit einer interdisziplinären Forschung über die aktuellen Entwicklungen in der Integrations-, Beitritts- und Nachbarschaftspolitik der Europäischen Union sowie die spezifischen Entwicklungen und Probleme der Region Mittel- und Osteuropa zu profilieren und zu einem Thinktank in der Region über die Region zu entwickeln. Auf diese Weise sollen die an der AUB in allen Disziplinen in einmaliger Weise vorhandenen Kompetenzen für die Europäische Transformationsprozesse sowie die Region Mittel- und Osteuropa optimal zum Tragen kommen.

Die Forschung fokussiert sich im Rahmen von drei Schwerpunkten auf die besondere Bedeutung der Region Mittel- und Osteuropa in den europäischen Integrationsprozessen: